Dalam menjalankan perannya, PR Program Malaria Perdhaki bekerja sama dengan unit kesehatan anggota Perdhaki/Pelkesi, Keuskupan/Paroki, Perdhaki Wilayah, serta beberapa NGO yang ada di Kawasan Timur Indonesia yang terbagi dalam 8 (delapan) SR atau Sub Recipient:
SR Yayasan Tifa Mandiri (Yatima)
Jl. Reremi Permai, KPR Manokwari, Kel. Manokwari Barat, Distrik Manokwari Barat, Telp: 085244214849, Surel: sr-yatima@yayasantifamandiri.or.id
SR Yayasan Caritas Timika Papua
Jl. Cendrawasih Komplek Mulia Mini Mal Timika, Papua 99910, Telp: (0901) 322690, Fax: (0901) 322569, Seluler: 08114996655, Surel: yctp.malaria@gmail.com
SR Primari Papua
Jl. Pipit Girimulyo, Po Box 138 Nabire, Papua 98814, Telp: (0984) 24286, Fax: (0984) 22731, Surel: srprimari@gmail.com; primaripapua@yahoo.co.id
SR Perdhaki Wilayah Keuskupan Jayapura 1
Jl. Teruna Bakti Waena, Jayapura, Papua 99358, Telp: 085244656153, 085244544338, Surel: sr.pwkjayapura.malaria@gmail.com
SR Perdhaki Wilayah Keuskupan Jayapura 2
Jl. Raya Hawai, Kompleks Panti Asuhan Kerahiman, Sentani, Telp: 082238856889, 082162905689, Surel: srpwkjayapura2@gmail.com
SR Keuskupan Agung Merauke/ KAME
Jl. Raya Mandala No. 30, Merauke 99616, Telp. 081399445953, 082248017801, 082248452624, 082132325604, Surel: srmalariamerauke@gmail.com
SR Perdhaki Wilayah Keuskupan Agung Kupang
Jl. H. R Koroh, Perumahan Villa Gloria, Seruni No. 12, Kelurahan Bello, Kecamatan Maulafa, Kota Kupang 85148, Telp: 08113835729, Surel: srpwkeuskupanagung_kupang@yahoo.com
SR Perdhaki Wilayah Keuskupan Agung Ende
Kantor Puspas Keuskupan Agung Ende, Jl. El Tari Ende, Nusa Tenggara Timur 86318, Seluler: 08113812365, Surel: malaria.flores@gmail.com